Los orígenes de este certificado se remontan a 1990, cuando grupos de empresas comercializadoras de madera preocupadas por la deforestación y degeneración del medio ambiente, se reunieron en California con representantes de organizaciones medioambientales.
Los representantes de las empresas insistieron en que era necesario contar con un sistema de identificación que pudiera detectar de forma creíble e independiente a los bosques bien gestionados como origen de productos de madera fabricados responsables. En esta reunión aprobaron el concepto con el nombre FSC.
La organización comenzó a crecer y en 1998 WWF asumió liderar el desarrollo inicial de FSC en España.
En 2004 FSC, junto al apoyo y esfuerzo de otras entidades y personas, finalizaban sus primeros estándares. Estos estándares fueron aprobados a comienzos de 2006 por parte de FSC Internacional.
Tras más de una década de funcionamiento FSC España se ha convertido en uno de los sistemas de certificación socioambiental de más referencia para los trabajadores forestales, las empresas líderes en el mercado, las administraciones y los ciudadanos.